Około roku 1740 w Szkocji rozpoczął działalność ruch zielonoświątkowy, propagujący modlitwę w kościołach chrześcijańskich za siebie nawzajem. W 1820 r. James Haldane Stewart opublikował „Wskazówki dla Zgromadzenia Ogólnego Chrześcijan oczekujących wylania Ducha Świętego”. Dwadzieścia lat później Ignatius Spencer, nawrócony na katolicyzm, proponuje utworzenie „Unii Modlitw o Jedność”.
Św. Wincenty Pallotti († 1850) włączył do wspólnych modlitw intencje misyjne itp. Umiejscowił tydzień modlitw o jedność chrześcijan w oktawie Objawienia Pańskiego, czyli w dniach 6-13 stycznia (co dotąd pozostało chlubną pamiątką Towarzystwa, które założył).
W 1867 r. w preambule do rezolucji I Międzynarodowej Konferencji Biskupów Anglikańskich „Lambeth” podkreślona zostaje istotna rola modlitwy o jedność chrześcijan. W 1894 r. papież Leon XIII zachęca do praktykowania w okolicach Uroczystości Zesłania Ducha Świętego oktawy modlitw o jedność. Już na początku XX wieku, w 1908 r., Paul Wattson inicjuje zwyczaj obchodzenia Oktawy Jedności między Kościołami. W 1926 r. Ruch „Wiara i Porządek” (Faith and Order) rozpoczyna publikowanie „Wskazówek na Oktawę Modlitw o Jedność Chrześcijan”. Francuski kapłan z Lyonu, ks. Paweł Couturier w 1932 r. podjął praktykę wspólnych modlitw przedstawicieli różnych wyznań chrześcijańskich. W 1958 Unité Chrétienne (Lyon, Francja) oraz Komisja „Wiara i Porządek” działająca w ramach Światowej Rady Kościołów rozpoczęły wspólne przygotowywanie materiałów na Tydzień Modlitw. W 1964 r. w Jerozolimie papież Paweł VI oraz Pariarcha Athenagoras I odmawiają wspólnie Jezusową modlitwę: „Aby wszyscy byli jedno” (por. J 17).
W 1964 r. Sobór Watykański II wydał Dekret o ekumenizmie, w którym podkreślił, iż sercem ruchu ekumenicznego jest modlitwa. Dekret zachęca jednocześnie do praktyki Tygodnia Modlitw. W 1966 r. Komisja „Wiara i Porządek” oraz Sekretariat ds. Promowania Jedności Chrześcijan (obecnie Papieska Rada ds. Promowania Jedności Chrześcijan) rozpoczynają wspólne przygotowywanie tekstów Tygodnia Modlitw.
Ostatecznie czas Tygodnia Modlitw ustalono na dni od 18-25 stycznia – czas ten kończy pamiątka nawrócenia się św. Pawła (25 stycznia). Symbol jest bardzo wymowny. Nawraca się nagle, rzucony na ziemię łaską Bożą, największy wróg chrześcijaństwa u bram miasta, w którym miał za zadanie aresztować i więzić chrześcijan.
Kościół Chrystusowy bolał zawsze nad skłóceniem swoich dzieci i dążył za wszelką cenę do ich pojednania w Jezusie Chrystusie. Szedł także na daleko idące ustępstwa. I tak np. Kościołom Wschodnim przyłączonym zostawił: własny obrządek i język liturgiczny, własny kalendarz, a nawet własne ustawodawstwo. W historii ruchów ekumenicznych odróżnić możemy trzy etapy: wiek III i IV, gdy stała się aktualną sprawa powrotu do Kościoła tych, którzy od niego odpadli z obawy prześladowań (lapsi); wiek XII-XV to próby pozyskania dla jedności prawosławia; i współczesne kierunki, dążące ku zjednoczeniu rodziny chrześcijańskiej.
Obecnie Światowa Rada Kościołów skupia 286 Kościołów i wyznań chrześcijańskich. Oprócz jednak tej akcji ogólnoludzkiej bardzo żywo toczy się dialog pomiędzy poszczególnymi Kościołami. Utworzone zostały komisje dla rozważenia problemów, które łączą i które dzielą braci odłączonych od Kościoła. W duchu miłości, cierpliwie prowadzi się teologiczne poszukiwanie do uzgodnienia poglądów.
Dla przykładu: z Kościołem syryjsko-prawosławnym i koptyjsko-prawosławnym obie strony doszły do przekonania, że w dziedzinie tajemnicy natury ludzkiej Chrystusa, która w wieku V była formalną przyczyną rozłamu, używa się wprawdzie różnego języka teologicznego, ale treść tej nauki jest ta sama. Można więc powiedzieć, że obie strony wyznają tę samą prawdę, chociaż Kościół Rzymski ją ściślej może precyzuje. Kościołem Anglikańskim uzgodniono wiarę w tajemnicę realnej obecności Chrystusa w Najśw. Sakramencie, jak też odnośnie urzędu kościelnego, do którego wchodzi się przez święcenia kapłańskie. W dialogu katolicko-luterańskim nastąpiło znaczne zbliżenie poglądów w tak zasadniczych sprawach, jak: Pismo święte, tradycja, usprawiedliwienie, urząd duchowny, a nawet prymat papieża.
Poniżej przedstawiamy tematy Tygodni Modlitw o Jedność Chrześcijan z lat 1968-2010:
1968 – Ku chwale Jego majestatu (Ef 1, 14)
1969 – Powołani do wolności (Ga 5, 13)
1970 – Jesteśmy pomocnikami Boga (1 Kor 3, 9)
1971 – …i dar jedności w Duchu Świętym (2 Kor 13, 13)
1972 – Daję wam przykazanie nowe (J 13, 34)
1973 – Panie, naucz nas się modlić (Łk 11, 1)
1974 – Aby wszelki język wyznał, że Jezus Chrystus jest Panem (Flp 2, 11)
1975 – Tajemnica woli Bożej: zjednoczyć wszystko w Chrystusie (Ef 1, 3-10)
1976 – Będziemy do Niego podobni (1 J 3, 2)
1977 – Chlubimy się nadzieją (Rz 5, 1-5)
1978 – Nie jesteśmy obcymi (Ef 2, 13-22)
1979 – Służcie sobie nawzajem ku chwale Bożej (1 P 4, 7-11)
1980 – Przyjdź Królestwo Twoje (Mt 6, 10)
1981 – Jeden Duch – wiele darów – jedno Ciało (1 Kor 12, 3b-13)
1982 – Niech wszyscy znajdą schronienie w domu Twoim, Panie (Ps 84)
1983 – Jezus Chrystus – Życie świata (1 J 1, 1-4)
1984 – Wezwani do jedności przez krzyż Chrystusa (1 Kor 2, 2; Kol 1, 20)
1985 – Ze śmierci do życia w Chrystusie (Ef 2, 4-7)
1986 – Będziecie moimi świadkami (Dz 1, 6-8)
1987 – Zjednoczeni w Chrystusie – nowe stworzenie (2 Kor 5, 17 – 6, 4a)
1988 – Miłość usuwa lęk (1 J 4, 18)
1989 – Budowanie wspólnoty – jedno Ciało w Chrystusie (Rz 12, 5-6a)
1990 – Aby wszyscy byli jedno… by świat uwierzył (J 17)
1991 – Wychwalajcie Pana, wszystkie narody! (Ps 117; Rz 15, 5-13)
1992 – Ja jestem z wami, idźcie więc (Mt 28, 16-20)
1993 – Posiadając owoce Ducha w służbie jedności chrześcijan (Ga 5, 22-23)
1994 – Mieszkanie Boga – wezwani, by być jednym sercem i jednym duchem (Dz 4, 23-37)
1995 – Koinonia: wspólnota w Bogu i z braćmi (J 15, 1-17)
1996 – Oto stoję u drzwi i kołaczę (Ap 3, 14-22)
1997 – W imię Chrystusa prosimy: pojednajcie się z Bogiem (2 Kor 5, 20)
1998 – Duch wspomaga nas w naszej słabości (Rz 8, 14-27)
1999 – Zamieszka wraz z nimi jako ich Bóg, a oni będą Jego ludem (Ap 21, 1-7)
2000 – Błogosławiony niech będzie Bóg, który napełnił nas błogosławieństwem w Chrystusie (Ef 1, 3-14)
2001 – Ja jestem Drogą,
Prawdą i Życiem (J 14, 1-6)
2002 – W Tobie jest źródło życia (Ps 36, 5-9)
2003 – Przechowujemy ten skarb w naczyniach glinianych (2 Kor 4, 13-18)
2004 – Pokój mój daję wam (J 14, 27)
2005 – Chrystus jedynym fundamentem Kościoła (1 Kor 3, 1-23)
2006 – Gdzie dwóch albo trzech gromadzi się w moje imię, tam jestem pośród nich (Mt 18, 20)
2007 – Nawet głuchym przywraca słuch i niemym mowę (Mk 7, 37)
2008 – Nieustannie módlmy się o jedność (por. 1 Tes 5, 17)
2009 – Aby byli jedno w Twoim ręku (Ez 37, 17)
2010 – Wy jesteście świadkami tego (Łk 24, 48)